1896年，在“洋务维新，实业救国”的思潮影响下，清朝政府设立了水口山铅锌矿局。

1922年，在毛泽东的指导下建立了水口山矿党团组织，传播马列主义，开展了震惊中外的水口山工人运动，宋乔生、耿飚等老一辈无产阶级革命家由水口山奔向井冈山，走上革命道路。

1949年10月,由湖南省军管会工矿处接管。

1950年5月，划归中南有色金属管理总局湖南分局领导，改名为中南有色金属管理总局湖南分局水口山矿务局。

1953年,改由中央重工业部领导,更名为中央重工业部有色金属管理局中南分局水口山矿务局，并正式成立中国共产党水口山区委员会。

1968年2月15日,奉湖南省革命委员会筹备领导小组11号文件批准,成立"水口山矿务局革命委员会”。

1996年至1999年,水口山矿务局隶属于中国有色金属工业总公司由有色长沙公司直接管理。

1999年8月中国有色金属工业总公司改组为中国铝业、铜铅锌、稀有金属三大有色金属集团公司,水口山矿务局成为中国铜铅锌集团公司的成员企业,由中国铜铅锌集团公司直接管理。

2000年7月10日,根据国务院《关于调整中央所属有色金属企事业单位管理体制有关问题的通知》(国发[200]17号)精神,水口山矿务局下放到湖南省管理。根据省政府湘政函[2000]92号文件精神,下放过渡期内,有关交接、行业管理等工作由有色长沙公司负责。

2001年2月、3月,湖南有色金属工业总公司、湖南省委企业工委先后成立,水口山矿务局隶属于湖南省委企业工委,由湖南有色金属工业总公司直接管理。

2001年9月20日，湘经贸企业[2001]1598号文件,同意水口山矿务局整体改制为水口山有色金属有限责任公司。

2003年4月23日，湘政办[2003]55号文件,同意以水口山有色金属有限责任公司为核心企业组建湖南水口山有色金属集团有限公司。

2004年8月9日,湘国资任字[2004]1号文件任命湖南水口山有色金属集团有限公司董事会成员,集团公司正式挂牌运作。

2004年7月，湖南有色金属工业总公司下属七家主要生产单位和一个设计院整合并组建了湖南有色金属控股集团有限公司,湖南水口山有色金属集团有限公司为其成员企业。

2005年6月,从湖南有色金属控股集团有限公司划分出来、由湖南省国资委监管。

2009年12月，中国五矿同湖南有色签订战略合作协议。公司作为湖南有色的子公司，整体加入中国五矿。